你描述的有点乱，我有两个问题：
1）你改动了什么代码？改动和目的是什么？
2）这句话该怎么理解？“发送的消息内容一样。消息协议除了指纹不一样，其他的都一样。怎么会出现一个能收到ack，一个不能收到ack呢？”：意思是说，你修改后的代码，运行在两个手机上，一个手机上的ACK正常，另一个不正常？

引用：mark7788 发表于 2019-11-07 10:37
1，我没有修改mina服务器端通讯SDK功能（MobileIMSDKServerXOpen），改动只是加上日志，如图所示。
2， ...

那就太奇怪了。你用的是github里下载的最新代码吗。
实在不行，你就把你编译的jar，反编译一下，跟rainbowchat的反编译一下，用beyong compare这个工具，进行逐个类的全文比对，看看有什么差异。